尼奥醒来,梦见睡在他身边的崔尼蒂被射杀。乌贼准备大举进攻锡安。墨菲斯在开会商讨应对措施。
有人给了尼奥一个东西。三个特工找到尼奥。尼奥把他们打倒后离开。特工起来后似乎非常高兴。
尼奥去到先知家,空无一人。雷伯号回到锡安。墨菲斯去和洛克司令见面。xx提出想加入雷伯号。
洛克因墨菲斯违抗他的命令而大怒。
尼奥回家时发现很多人在等他,请求他照顾他们的子女。
林克的妻子因担心他的安全而要求他换一艘船。
哈曼议员召开全民大会。墨菲斯发言时,一片欢呼。他鼓舞了大家与机器战斗的士气。
尼奥与崔尼蒂做爱时又看到了崔尼蒂被特工枪杀的场景。
一个特工潜入了锡安。
尼奥出门后遇见哈曼议员、巴拉德帮限制转交一块东西给尼奥后,尼奥他们准备离开锡安
拜恩想准攻击尼奥他们,没成功
尼奥回到人类世界去找先知。他遇到赛里夫,赛里夫突然攻击尼奥。然后赛里夫主动叫停打斗,带他去见先知。
先知让尼奥做出正确的选择,回到源头。否则锡安就会灭亡。要去源头,必须先找到开锁人。
先知离开后,史密斯出现。他感谢尼奥让他脱了系统,重获自由。然后许多一模一样的史密斯出现一起攻击他。史密斯越来越多。
尼奥拿了根铁棍做武器,但被夺走。尼奥飞走逃脱。议会要求派两艘船去帮助雷伯号。耐欧比主动请缨。尼奥他们三人找到xxxx。
xxxx拒绝交出开锁人,但是他的妻子偷偷带他们去找开锁人,条件是尼奥给她一个能让她感受到爱的吻。尼奥同意并做到了。尼奥取到了钥匙。xxxx想阻止他们离开。开锁人逃跑,崔尼蒂和墨菲斯跟了上去。他们开车逃走,xxxx的手下和警察紧追不舍。崔尼蒂开着摩托车带开锁人离开,墨菲斯断后。就在墨菲斯要被打败时,耐欧比赶到,挽回败局。尼奥也及时赶到救了墨菲斯和开锁人。
开锁人告诉他们要到源头的话必须切断整个地区的电源。尼奥想要崔尼蒂别参加行动。崔尼蒂同意了
乌贼开始进攻锡安。崔尼蒂看到尼奥他们有危险了,决定去把大楼炸了。
尼奥他们遇到众多史密斯的阻拦。尼奥打倒史密斯后进入了源头,开锁人中枪而网。尼奥见到了母体的创造人。尼奥必须在拯救人类还是崔尼蒂中做出选择。尼奥选择了后者。崔尼蒂遇到了特工,被特工射中,尼奥把他救走。虽然尼奥徒手把子弹取了出来,但崔尼蒂还是死了。尼奥伸手进去为她做心脏按摩,崔尼蒂醒来。尼奥告诉墨菲斯预言是假的。船被炸毁,尼奥他们逃了出去。尼奥徒手毁了几个乌贼后晕倒。汉姆号赶到,把他们带了回去。
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